刚刚结束了与叛忍集团“晓”的抗争，木叶村被一股诡异不祥的气氛所笼罩。此时此刻，漩涡鸣人沉浸在对家人的思念中，孤独无助。某个晚上，心情糟糕的鸣人巧遇刚刚和家人吵架的小樱，二人在公园闲聊之际，神秘的斑突然出现，并向二人使出瞳术。眩晕过后，鸣人和小樱发现看曾经熟悉的伙伴竟然性格发生巨变。一连串不正常的事件令二人苦恼不已。更令人难以置信的是，包括佐助以及鸣人的父母波风水门和玖辛奈也出现在他们的面前。斑的阴谋慢慢展开…… 本片根据岸本齐史的漫画原作改编，为该作品第九部动画剧场版。

电影改编自1985年剧场版《哆啦A梦：大雄的宇宙小战争》，讲述大雄意外结识来自匹里卡星、体形小巧的外星人帕比，并在哆啦A梦的帮助下，与大家一起穿越星际，共同守护友情和星球的宇宙冒险故事。

延续前一集的剧情，狮子亚历克斯（本·斯蒂勒 配音）、斑马马蒂（克里斯·洛克 配音）、长颈鹿迈尔曼（大卫·休默 配音）、河马格洛里亚（贾达·萍克·史密斯 配音）以及企鹅们，为了能离开马达加斯加岛回到五光十色的纽约，对一架破旧的失事飞机进行维修改造，并成功起飞。当大家已经开始庆祝终于可以回到纽约时，飞机却意外降落，迫降到了非洲大草原上......

毒枭康素差一直带着手下张建行从事毒品交易，新加入的成员欧志远也因一次意外与两人有了过命交情，三人情同手足。康素差在香港的贩毒生意被警方查处后带团队逃到金三角发展，却意外发现身边藏有卧底。此刻，是敌是友，一片茫然。