2016年，由于开始侵蚀世界的怪人“BugStar”=未知的电脑游戏病毒侵蚀开始。为了救助感染者，决定与BugStar战斗的天才玩家宝生永梦变身为假面骑士Ex-Aid。

在人们还没有察觉到的时候，未知的病毒——漏洞体，已经在社会上蔓延开来。政府在圣都大学附属医院秘密设立了电脑急救中心（CR），以应对病毒蔓延的情况，避免人类走向灭亡。在数字游戏的世界中，打败游戏病毒漏洞体！使用与游戏企业共同研发出的玩家驱动器与卡带，候选人医生就能变身为假面骑士！年轻的实习医生宝生永梦背负的命运，就是变身为假面骑士艾克赛德，保护患者不受漏洞体侵害。

被文豪撰写的众多书籍，其中记载了独创的世界观及牵动人们情感的故事，这些文学作品给人们的内心带来色彩，丰富了世界。可是书中出现了浑身漆黑的异形之物。那是从对文学的负面情感中诞生的，名为“侵蚀者”的存在。能够对抗侵蚀书籍、想要从世界上抹去书籍存在的侵蚀者之人，只有凭借“特务司书”之力转生的文豪们。为了保护全世界的文学作品。文豪潜入被侵蚀的书中，讨伐侵蚀者，拯救书籍。这是用灵魂创作文学作品的人们所书写的新文豪谭——

2016年，由于开始侵蚀世界的怪人“BugStar”=未知的电脑游戏病毒侵蚀开始。为了救助感染者，决定与BugStar战斗的天才玩家宝生永梦变身为假面骑士Ex-Aid。