阿力和贝贝都是优秀的科研小潜艇，他们是一对非常好的拍档，在《潜艇总动员》中，他们共同完成了很多次的训练和任务，这一次，两个小家伙将面临什么样的神秘而有趣的挑战呢？　　著名的海洋研究学家及水下考古考古学家苏红博士拥有四枚加勒比海盗藏在深海中的上古勋章的仿制品，四枚勋章分别代表了智慧、勇气、友谊和正义。这一天，苏红博士召集阿力和贝贝，交代他们如果能够完成一项任务将会获赠一枚勋章，如果能够收集齐四枚勋章，小家伙们将获邀去泉州参加海洋博物馆的开幕仪式，并将获得博士赠送的神秘奖励，这让小潜艇们激动不已，跃跃欲试！　

俄罗斯国家安全局女特工达莎（安娜斯塔西娅·扎沃洛纽克 Anastasiya Zavorotnyuk 饰），受命在恐怖组织首领扎法德的武装基地担当卧底，逐渐获得信任，得知扎法德即将实施一起全球性恐怖计划——犯罪组织已在四个人口密集的国际大都市内秘密安放了四枚遥控核弹，几乎可以破坏整个亚欧大陆。然而扎法德却突然被同伙巴特杀死，并被盗取了引爆密码。达莎又受命联络一位法国银行家路易斯（文森特·佩雷斯 Vincent Perez 饰）一同阻止阴谋。两人在追查的途中，达莎的恐怖分子身份不料引起了美国中情局的注意，跨国